Eksperdid soovitavad juukseid värvida mitte rohkem kui kaks korda aastas. Kõrge vererõhu, südamehaiguste, astma ja muude haiguste all kannatavad patsiendid ei tohiks juukseid värvida. Lisaks ei sobi juukseid värvida ka sünnitamist planeerivatele paaridele ning rasedatele ja rinnaga toitvatele naistele.
Juuksevärvi pikaajaline kasutamine on tervisele kahjulik. Ameerika eksperdid uurisid 160 populaarset juuksevärvi ja leidsid, et 150 neist on kantserogeense toimega. Näiteks oksüdatiivsete juuksevärvide hulgas on ainet nimega 2-aminoanisool, mis kõige tõenäolisemalt koguneb inimkehasse ja soodustab rakkude vohamist. Tavaolukorras, kui juuksevärvi kasutatakse 10 aastat, peab inimese nahk omastama vaid 1% sellest ainest, mis võib põhjustada vähki.
Lisaks võib juuksevärvide kasutamine häirida keha immuunfunktsiooni, põhjustades erütematoosluupust. Mõned juuksevärvid võivad põhjustada allergilist dermatiiti, allergilist konjunktiviiti ja nii edasi. Sellest lähtuvalt hoiatasid teadlased inimesi, et juuksevärve tuleks kasutada ettevaatusega.